Das Markgräfler Museum Müllheim hat sich zum wichtigsten Regionalmuseum zwischen Freiburg, Mulhouse und der Agglomeration Basel/Lörrach entwickelt. Seit 1979 ist das Museum mitten in der Altstadt in einem frühklassizistischen Gebäude untergebracht, das um 1780 im Stil französicher Stadtpalais erbaut wurde und zeitweise auch als "Gasthaus zur Krone" und als Rathaus diente. Auf vier Etagen mit über 1.500 qm Ausstellungsfläche werden vier Hauptthemen präsentiert. Im historischen Weinkeller kann man in die Geschichte des Weinbaus im Markgräflerland eintauchen. Einen wichtigen Stellenwert nimmt der in Müllheim geborene Weinbaupionier Adolph Blankenhorn (1843-1906) ein, erster Önologie-Professor in Deutschland und Gründer des deutschen Weinbauverbandes. Das Erdgeschoss informiert, teilweise mit interaktiven Stationen, über die abwechslungsreiche Geologie und über wichtige archäologische Funde der Region von der Ur- und Frühgeschichte über die Römerzeit bis ins Mittelalter.
Im ersten Obergeschoss befindet sich eine neu eingerichtete Galerie zur Kunst am südlichen Oberrhein, die sowohl Werke der klassischen Moderne im 20. Jahrhundert als auch namhafte zeitgenössische Künstler umfasst, darunter Jürgen Brodwolf, Werner Berges, Artur Stoll oder Bernd Völkle. Der großzügig konzipierte ehemalige Tanzsaal des Hauses wird heute für Wechselausstellungen genutzt. Fünf Repräsentationsräume, die "Bel Etage", veranschaulichen die von Frankreich beeinflusste Wohnkultur der wohlhabenden Markgräfler Weingutsbesitzer im 18. und 19. Jahrhundert - unter anderem mit Ölgemälden von Ferdinand Keller und Gouachen von Johann Martin Morath. In dem 2003 neu ausgebauten Dachgeschoss entsteht eine moderne, erlebnisorientierte Abteilung zur Regionalgeschichte des Markgräflerlandes seit dessen Entwicklung im ausgehenden Mittelalter.
Im ersten Obergeschoss befindet sich eine neu eingerichtete Galerie zur Kunst am südlichen Oberrhein, die sowohl Werke der klassischen Moderne im 20. Jahrhundert als auch namhafte zeitgenössische Künstler umfasst, darunter Jürgen Brodwolf, Werner Berges, Artur Stoll oder Bernd Völkle. Der großzügig konzipierte ehemalige Tanzsaal des Hauses wird heute für Wechselausstellungen genutzt. Fünf Repräsentationsräume, die "Bel Etage", veranschaulichen die von Frankreich beeinflusste Wohnkultur der wohlhabenden Markgräfler Weingutsbesitzer im 18. und 19. Jahrhundert - unter anderem mit Ölgemälden von Ferdinand Keller und Gouachen von Johann Martin Morath. In dem 2003 neu ausgebauten Dachgeschoss entsteht eine moderne, erlebnisorientierte Abteilung zur Regionalgeschichte des Markgräflerlandes seit dessen Entwicklung im ausgehenden Mittelalter.