Einen herausgehobenen Stellenwert in der Kunstsammlung des Markgräfler Museums nimmt die Künstlergruppe der „Badischen Secession“ ein, die von den 1920er Jahren bis zur Auflösung durch die Nationalsozialisten bestand und 1946 wiedergegründet wurde.
Nach einer kleinen Einführung zur geschichtlichen Situation und den Besonderheiten der Badischen Secession wird auf die in der Dauerausstellung gezeigten Bilder eingegangen, ergänzt mit Werken aus der Museumssammlung, die sonst nicht öffentlich gezeigt werden. . Die Sammlung des Museums umfasst Werke von Emil Bizer, Adolf Strübe, Adolf Riedlin und Otto Laible.